Het Mirakel van Bergen
In november 1421 werd het Nederlandse dorpje Petten getroffen door een zware noordwesterstorm, waardoor 400 inwoners omkwamen nadat de kerk werd verzwolgen door de zee. De dag na de ramp ontdekte de schout van Bergen, Joannes de Prucen, een houten kistje met kerkschatten van Petten, waaronder een kelk met heilige hosties. De pastoor van Petten overleefde de ramp en reisde naar Bergen om de kerkschat in ontvangst te nemen. Uit dankbaarheid consumeerde hij de heilige hosties en goot het zeewater uit de kelk in een schotel. Een half jaar later ontdekte de pastoor dat het zeewater was verdwenen en er een dun laagje rode stof op de bodem lag, wat hij interpreteerde als het geronnen bloed van Christus. Het verhaal verspreidde zich als een wonder, bekend als het ‘Mirakel van Bergen‘, en pelgrims stroomden toe om te bidden. Gravin Jacoba van Beieren reisde zelfs naar Bergen, en paus Eugenius de Vierde verleende een aflaat aan de parochiekerk. Op de plaats waar de ciborie werd gevonden, werd de kapel van het Heilige Bloed gesticht.
Tachtigjarige Oorlog
Op 21 februari 1574, tijdens de Tachtigjarige Oorlog, werd de kerk geplunderd en afgebrand door geuzen onder leiding van Diederik Sonoy, als deel van een tactiek van de verschroeide aarde rond Alkmaar om de Spanjaarden te beletten het Beleg van Alkmaar weer te hervatten. Hierbij ging een groot deel van de kerk, waaronder de toren, verloren. In de periode tot 1597 werd het koor van de geruïneerde kerk herbouwd. In 1594 kwam een deel klaar; dit jaartal werd aangebracht op een balk boven de preekstoel. Na de reformatie werd de Ruïnekerk in gebruik genomen als protestantse kerk.
Tijdens de Slag bij Bergen in 1799 werd er zwaar gevochten tussen de Bataven en Russen rond de kerk. De vele kogelgaten en -inslagen in de kerk herinneren hier nog aan.
Restauratie door Royaards
In de periode 1955-1961 werd de kerk gerestaureerd onder leiding van architect Cornelis Willem Royaards, die onder meer een houten portaal in 18e-eeuwse Zaanse stijl aan het gebouw toevoegde. Dit houten portaal werd enkele meters verplaatst toen in 2003 de ingang verbreed werd. Op de kerkgevel prijkt het jaartal 1958 ter herinnering aan de restauratie.
